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DNAマイクロアレイ解析受託

ホールゲノム発現解析

ホールゲノム発現解析

イルミナ社のホールゲノム遺伝子発現解析は、1枚のChip上で12サンプル(6サンプル又は8サンプル)を同時にハイブリダイゼーションできるプラットフォームです。精緻に配列されたシリカビーズ表面に結合されたプローブにターゲットRNAがハイブリダイゼーションします。

ひとつのサンプルエリアに同一のビーズが平均30個存在し、従来のマイクロアレイにない統計的精度の裏付けのあるデータを取得できます。

概要

・実験規模の拡張を可能にするサンプル当たりの低コスト
・統計的信頼性を保障するビーズの冗長性(平均 n=30 )
・優れた選択性と検出感度を提供する全長 50-mer のプローブ
・Total RNAは900ngから、血液・組織・細胞試料の場合はRNA抽出操作から受付。

特徴

特徴

サンプル量や試薬量を低減する高密度設計 (→高性能・低価格)

BeadArrayテクノロジーによるプラットホーム(6~12サンプル用)
・HumanHT-12 v4.0 Expression BeadChip
・MouseWG-6 v2.0 Expression BeadChip
・MouseRef-8 v2.0 Expression BeadChip
Realtime PCR との高いデータ相関 (r2>0.97, 下図左 対数プロット)
抜群アレイ再現性 (チップ相関 0.997, 下図右)

弊社検証実験データ

遺伝子解析フロー

※血液/組織/細胞のtotal RNA抽出※

品質check
バイオアナライザによるtotal RNA受入検査
cRNA増幅・標識
total RNAのうちmRNAよりcRNAを増幅。その過程においてビオチン標識を行い、ビオチンラベル化cRNAを合成
cRNA品質check
バイオアナライザにより品質チェック
ハイブリダイゼーション・スキャン
増幅されたcRNAをハイブリダイズし、スキャナによって発現量測定
GeneSpring基本解析
基本解析のほかオプション解析もございます。詳細についてはお問い合わせ下さい。
※オプションとして、組織・細胞からのtotal RNA抽出も承っております。

ご注文

ご注文は 4サンプルから承っております。
4サンプル以下でのご注文、その他ご不明な点がありましたら、お問い合わせ下さい。

納期

標準解析
サンプル受付日から15営業日後です(ご注文数により納期変動がございます。)
解析結果は、データ、解析説明書、View Soft と共に、CD-Rにてお客様の元に送付致します。
解析オプション
約1週間 (ご注文数により納期変動がございます。)

GeneSpring解析例

1.ノーマライゼーション、全遺伝子発現データの取得
遺伝子発現結果のノーマライゼーションを行います。
・Per Chip Normalizationではチップ(サンプル)ごとの発現量をノーマライズし、実験誤差による変動を取り除き、生物学的な変動を抽出 します。
・Per Gene Normalizationでは遺伝子ごとにノーマライズを行い、変化をよみやすくします。

有意に差がある遺伝子を抽出

画像クリックで拡大画像をご覧いただけます。

2.有意に差がある遺伝子を抽出
GeneSpring解析例発現している遺伝子を抽出します。そこで、全サンプルでバックグラウンドに対して有意に差がない(発現していない)遺伝子を取り除き、有意に発現している遺伝子に絞ります。

3.オプション例
(2)で得られた遺伝子リストを用い、更に詳しく解析
・ANOVAにて統計解析
・選択した遺伝子に類似の発現傾向を持つ遺伝子の抽出他の遺伝子に類似した傾向を持つ遺伝子の検索
・その他

4.解析結果
遺伝子リストはテキストファイル形式です。遺伝子リストには遺伝子名と発現量データの他にアノテーション情報も含まれます。クラスタリング結果は画像で出力されます。発現の大きいサンプルは赤、中程度は黄、小さいサンプルは緑で描画されます。

  • GeneSpring解析例
  • GeneSpring解析例

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お問い合わせ

遺伝子解析事業は、2015年4月に当社グループ会社「株式会社ジェネティックラボ」に承継されました。当該事業に関するお問い合わせは、(株)ジェネティックラボ営業部にお願いいたします。(参考: 遺伝子解析事業部門の事業譲渡に関するお知らせ


株式会社ジェネティックラボ 営業部
札幌市中央区北9条西15丁目28番地196
札幌ITフロントビル3F
電話:011-644-7333 FAX:011-644-7611

お問い合わせフォーム
http://www.gene-lab.com/cgi-bin/form/form.php
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