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次世代シーケンス解析受託

Genome Sequence解析

ゲノムシーケンス/ゲノムリシーケンス

ゲノムシーケンス/ゲノムリシーケンス

Illumina HiSeq 2000を用いてゲノムシーケンス、ゲノムリシーケンスを実施致します。38bp, 55bp, 75bp、更に100bpなど実験目的にあわせてのリード長を変更することができます。これにより、de novo解析など、より多くの目的にご利用頂けます。通常バクテリアなら1 Runでゲノムリシーケンスが完了します。ヒトやマウスを対象としたターゲットリシーケンスについても、オプションとしてサンプル調製から対応しています。

お送り頂くサンプルについて

濃度:200ng/µL
ボリューム:上記濃度のDNAを50µL
※ 精製度が低い場合、実験に悪影響を及ぼす恐れがあります。
※ DNA量が上記に満たない場合でも実験が可能な場合もございます。別途ご相談下さい。
※ ある程度DNAの分解が進んだDNAでも実験が可能な場合もございます。
※ オプションでDNAの抽出サービスや、ターゲット領域の取得などもご利用頂けます。

実験手法

single-end sequence
数百bpに断片化したDNAの片方の端のみを、超並列にシーケンスします。38bp, 55bp, 75bp, 100bpなどのリード長に対応しています。
paired-end sequence
数百bpに断片化したDNAの両端を、超並列にシーケンスします。de novo assemblyが目的の方は、必ずこちらでご依頼下さい。
38bp, 55bp, 75bp, 100bpなどのリード長に対応しています。

オプション解析

画像クリックで拡大画像をご覧いただけます。

GFFファイル出力
USCSゲノムブラウザなどにアップロードするための、GFFファイルをご提供します。
マッピングとSNPs(Single Nucleotide Polymorphisms)解析(通常、必ずご利用下さい)
リファレンス配列に対してマッピングを行い、多型をご報告します。
データベースに無い新規SNPsの報告
得られたシーケンスとデータベースを比較し、新規の多型をご報告します。
アノテーション
得られたSNPsについて、アノテーションを実施致します。
de novo assembly
de novo assemblyを実施致します。必ずpaired-end sequenceをご利用下さい。

ゲノムシーケンス/ゲノムリシーケンス関連サービス

Mate-pair sequence…大きな構造変化の検出やde novo sequenceにおけるscaffoldingに
Paired-end sequenceのインサートサイズが数百bpであるのに対してMate-pair sequenceのインサートサイズは2~5kbpですので、ゲノムのより大きな構造変化の検出や、de novo sequenceにおけるscaffoldingに威力を発揮します
(Mate-pairのみではde novo assemblyで良い成績を得られません。通常Paired-endと組み合わせてご利用頂きます。)。
Agilent SureSelect™を用いたターゲットリシーケンス…大きなゲノムの効率的なターゲットリシーケンスに

Agilent Technologies社のSureSelect™ Taget Enrichment Systemを用いてゲノムの特定領域を濃縮し、ヒトなどの大きなゲノムの場合でも効率的なリシーケンスを提供します。

120merの長鎖合成RNA(本法ではベイトと呼びます)をGenomic DNAにハイブリダイズさせます。ベイトはビオチン化されていますので、ベイトとハイブリッドした濃縮対象DNAを、ストレプトアビジンをコートした磁気ビーズで容易に回収することが出来ます。本法により、数Gbp以上の大きなゲノムから数Mbpの領域を濃縮することが出来ますので、ヒトやマウスなどの大きなゲノムを持つ生物種でも、非常に効率的にリシーケンスを進めることが可能です。

マルチプレックスアッセイ…小さなゲノムを低コストでシーケンス
Libraryにindex readを付加することにより、1レーンにつき12サンプルまでのマルチプレックスシーケンスを行うことが可能になり、大幅なコスト削減を実現しました。マルチプレックスにする分得られるreadは減りますので、小さなゲノムのシーケンスを複数行う場合にご利用頂けます。

ご注意

ご注意:本サービスは、研究目的以外に利用できません。

実験はBGI社にて実施されます。細菌兵器に転用可能なバクテリア等由来の核酸は輸出出来ない場合もございますので、別途お送り致します、重要事項同意書の記載事項をご確認下さい。
ご注文後のキャンセルは、本サービスの性質上、お引き受け出来ません。やむを得ずキャンセルされる場合には、要した実費を請求させて頂きます。

解析受託に関する注意事項


お問い合わせ

遺伝子解析事業は、2015年4月に当社グループ会社「株式会社ジェネティックラボ」に承継されました。当該事業に関するお問い合わせは、(株)ジェネティックラボ営業部にお願いいたします。(参考: 遺伝子解析事業部門の事業譲渡に関するお知らせ


株式会社ジェネティックラボ 営業部
札幌市中央区北9条西15丁目28番地196
札幌ITフロントビル3F
電話:011-644-7333 FAX:011-644-7611

お問い合わせフォーム
http://www.gene-lab.com/cgi-bin/form/form.php
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